Makoto Naegi Secret File (subtitulada 苗木誠、人生最悪の日 el Peor Día de la Vida de Naegi) es un libro de 25 páginas que narra una historia escrita por Kodaka en la que se relatan las circunstancias en las que Makoto Naegi fue nombrado Estudiante Afortunado Definitivo y admitido en la Academia Kibougamine.El libro fue añadido con la primera edición en DVD de Danganronpa: The Animation.